Засгийн газрын 2012 оны 11 дүгээр сарын 17-ны өдрийн 129 дүгээр тогтоолоор баталсан “Дотоод аудитын дүрэм”-ийн 4.1-д “Төсвийн ерөнхийлөн захирагч нь өөрийн эрхлэх асуудлын хүрээнд хуульд заасан чиг үүргийг хэрэгжүүлэх дотоод аудитын нэгжтэй байна” заасны дагуу Нийслэлийн Засаг даргын 2014 оны 03 дугаар сарын 11-ний өдрийн А/156 дугаар захирамжаар байгуулагдсан.

Хууль тогтоомжийн хэрэгжилтэд хяналт тавих, төсөвт байгууллага, төрийн болон орон нутгийн өмчит хуулийн этгээдийн хөрөнгө, өр төлбөр, орлого, зарлага, хөтөлбөр арга хэмжээ, хөрөнгө оруулалтад санхүүгийн хяналт шалгалт хийх, зөвлөмж гаргах, эрсдэлийн удирдлагаар хангаж Нийслэлийн Засаг даргын эрхлэх асуудлын харьяа байгууллагын үйл ажиллагааг сайжруулахад дэмжлэг үзүүлэх үндсэн чиг үүрэгтэйгээр ажиллаж байна.